Simple bioinformatic tool list
Sequence handling
- easyseq: 常见的序列反向互补，编号等操作
- easy sub sequence by number: 在一个序列中找某个数字范围的序列
- find sub-sequence by Text: 在一个序列中超出一小段序列在哪里
- Parse Join Complement:EMBL数据库文件里面的数字诠释成序列
Solution preparation
Simple Unit convertion
Simple assisting tools:
- Dilution series-fixed range:倍比稀释，固定浓度范围
- Dilution series-fixed ratio:倍比稀释，固定倍比比率
- 加样助手: 有了它，老板再也不用担心我加错样了
- 文本转换成表格:将有间隔符的文本转化为表格，可以转置表格
- Easy Regression: 线性回归法，作标准曲线测定蛋白浓度等
- Sequenceing Data Check: this script used NCBI bl2seq to check your sequencing data
- Alignment Numbering: 给clustalw比对结果加入编号
- T7 Template design: 设计T7RNA聚合酶的转录模板
- EasyOD:已知细菌倍增时间，预测菌生长OD时间点
- Easy Regulation OD: 未知道细菌倍增时间，预测细菌的生长OD时间
- SPR Rmax to Rl: SPR 通过Rmax估算Ligand偶联值
- 简易甘图图:辅助画甘特图，通过PS完成全图
- AES加密:将文字通过AES算法加密
- AES解密:将文字通过AES算法解密
第三方工具
- Blast 2 Sequence from NBCI tools: 比对两条序列同源性
- Clustalw:著名的多序列比对工具
- Vienna RNA Fold：维也纳RNA在线折叠
- Infernal cmscan:测试序列属于哪个CM模型(Rfam)
- Infernal cmstat:Rfam所有CM的特征
- Infernal cmfetch:获取CM的模型文件
- BioPHP:bioPHP提供的一系列有用的工具
- Primer3:在线引物设计
- BioPHP的Tm计算器
- BioPHP的核酸（DNA、RNA）计算器
- 蛋白质性质计算器
- 数学计算器
- Oligo分子量计算器